Depozitoriumas įsteigtas 2017 metais, susijungus trims centriniams vertybinių popierių depozitoriumams:

  • Lietuvos Respublikos akcinei bendrovei „Lietuvos centrinis vertybinių popierių depozitoriumas“;
  • Latvijos Respublikos akcinei bendrovei „Latvijas Centrālais depozitārijs“;
  • Estijos Respublikos „AS Eesti Väärtpaberikeskus“.

Depozitoriumas vykdo veiklą vadovaudamasis Europos Sąjungos Depozitoriumų reglamentu. Depozitoriumo veiklos priežiūrą atlieka Baltijos šalių finansų rinkų priežiūros institucijos, bendradarbiaujančios pagal šio reglamento nuostatas. Siekiant užtikrinti esamos Baltijos šalių centrinių vertybinių popierių depozitoriumų veiklos ir sutartinių santykių tęstinumą, Baltijos depozitoriumai konsolidavosi tarpvalstybinio susitarimo būdu.

Svarbiausi trijų Baltijos šalių centrinių vertybinių popierių depozitoriumų susijungimo etapai:

  • 2016 m. gegužę Nasdaq Nordic Ltd įsigyjo 100 proc. Latvijos depozitoriumo akcijų iš Nasdaq Riga AS ir tapo vieninteliu Latvijos depozitoriumo akcininku; Latvijos depozitoriumas įsigijo 100 proc. Lietuvos depozitoriumo akcijų iš AB Nasdaq Vilnius (8 proc.) ir Nasdaq Helsinki (92 proc.) bei 100 proc. Estijos depozitoriumo akcijų iš Nasdaq Tallinn AS;
  • 2017 m. vasarį Latvijos, Estijos ir Lietuvos depozitoriumai sudarė susijungimo sutartį ir pasirinko Europos bendrovės juridinio asmens formą – SE (lot. Societa Europea);
  • 2017 m. rugsėjį Latvijoje užregistruotas juridinis asmuo Nasdaq CSD SE, o Lietuvoje ir Estijoje – Nasdaq CSD SE Lietuvos ir Estijos filialai;
  • Nuo 2017 m. rugsėjo 18 d. Depozitoriumas vykdo veiklą kaip Europos bendrovė, kurios statusas apibrėžtas 2001 m. spalio 8 d. Tarybos Reglamente (EB) Nr. 2157/2001.