Sistemos dalyvis ar per sistemos dalyvį veikiantis investuotojas gali savo vardu atidaryti įvairių tipų operacines sąskaitas atsiskaitymo sistemose, kuriose dalyvis yra įgijęs sistemos dalyvio statusą.

Depozitoriume gali būti atidaromos įvairių tipų operacinės sąskaitos: asmeninės (investuotojo vardu ir investuotojo naudai), asmeninės Depozitoriumo dalyvio sąskaitos, sąskaitos, atidarytos Depozitoriumo dalyvio kliento vardu ir naudai bei kitos sąskaitos.

Kiekvienai vertybinių popierių sąskaitai suteikiamas unikalus sąskaitos numeris, kurį sudaro:

  • Operacinės sąskaitos numeris, leidžiantis nustatyti sąskaitos tipą ir teisines vertybinių popierių laikymo toje sąskaitoje pasekmes (pvz. turto atskyrimo laipsnį ir teisę į vertybinius popierius, kai taikoma);
  • Vertybinių popierių, pervestų operacinės sąskaitos turėtojui, ISIN kodas, leidžiantis nustatyti atsiskaitymo sistemą, kurioje vertybiniai popieriai buvo registruoti pirmą kartą, ir atitinkamai vertybinių popierių saugojimui taikomą teisę.

Pirminės vertybinių popierių emisijos registracijos depozitoriumas (angl. Issuer CSD) yra tas, kuriame įregistruojami ir tvarkomi vertybiniai popieriai.

Vertybiniai popieriai gali būti saugomi investuotojų depozitoriumuose (angl. Investor CSD), o per jų sąsajas su Depozitoriumu yra laikomi sąskaitos operatoriaus pasirinktoje vienoje iš Depozitoriumo atsiskaitymų sistemų.

Dėl šios priežasties sąskaitos turėtojo vertybinių popierių nuosavybės aspektus, pvz. teisę į vertybinius popierius, įkeitimo teisę ir kitas teises reglamentuoja:

  • Lietuvos įstatymai, jei vertybiniai popieriai saugomi Lietuvos atsiskaitymo sistemoje;
  • Latvijos įstatymai, jei vertybiniai popieriai saugomi Latvijos atsiskaitymo sistemoje;
  • Estijos įstatymai, jei vertybiniai popieriai saugomi Estijos atsiskaitymo sistemoje.